Dnia 1 lipca 1953, zgodnie z uchwałą rady Ministrów nr 36/53 z dn. 10 stycznia 1953, wcielono Zakład Narodowy im. Ossolińskich w strukturę Polskiej Akademii Nauk. W punkcie czwartym stanowiono, że „Zakład wraz ze wszystkimi jego działami stanowić będzie w ramach PAN całość organizacyjną”, z wyjątkiem działu wydawniczego, który został przekształcony w przedsiębiorstwo wydawnicze.

Fakt ten poprzedziły ożywione „dyskusje na różnych autorytatywnych szczeblach”, dotyczące form organizacyjnych i charakteru działalności instytucji, oraz podstaw prawnych istnienia Zakładu.

Rozpoczął się nowy okres w życiu Ossolineum, które podzielone zostało na dwie jednostki: Zakład imienia Ossolińskich Biblioteka PAN oraz Zakład imienia Ossolińskich Wydawnictwo PAN. Na czele Biblioteki stanął dyrektor Eugeniusz Szlapak, na czele Wydawnictwa dyrektor Ignacy Pochwicki.